Do đó, vị trí giếng trời cũng như các khu vực thông tầng và hình thái kiến trúc của chúng cần tránh những vi phạm trong phong thủy, tránh làm ảnh hưởng đến các không gian sống của mọi thành viên trong gia đình.
Dưới đây là một số lưu ý để thiết kế, bố trí giếng trời hợp phong thủy:
Tại Việt Nam, các tỉnh thuộc khu vực Nam Trung Bộ có điều kiện khí hậu nóng khô, nên những ngôi nhà dài hẹp hình ống dù có giếng trời mở ở khoảng giữa ngôi nhà vẫn chưa đủ xử lý việc thoát hơi nóng và thu dòng khí mát lành, đặc biệt là với những ngôi nhà thiết kế khu bếp ở phía hậu.
Tại không gian hậu làm phòng bếp của các ngôi nhà, hầu hết đều mở thêm một giếng trời ở phía cuối cùng. Giếng trời ở phía hậu này đóng vai trò lấy sáng cho không gian phòng bếp, cũng như lấy sáng, gió cho các phòng ở tầng trên thẳng phòng bếp.
Phong thủy có nguyên tắc "tụ thủy tắc khí bất tán". Tụ thuỷ nhưng không để úng thuỷ, tức là có nước chảy đến và nước luân chuyển, để kích hoạt sinh khí và tránh tù đọng.
Để đạt được điều này, có thể đưa Tiểu Sơn Thuỷ (núi sông thu nhỏ) vào nội thất, thông qua tổ chức non bộ hồ cảnh. Cũng có thể đặt bể cá có bơm lọc nước tuần hoàn, hay đơn giản một chậu phun loại nhỏ cũng là một điểm nhấn thu hút, và tạo luân chuyển nước trong nhà rất tốt.
Tại đây, các giếng trời có thể được kết hợp như là một không gian sinh hoạt, như có thể đặt tiểu cảnh, đặt các bộ bàn ghế uống nước, nghỉ ngơi, thư giãn, hoặc đặt cây xanh, những khoảng không gian vốn luôn hiếm hoi trong điều kiện nhà ống phố thị hiện nay.
Tuy nhiên, chúng ta cần phải hiểu giếng trời mang tính động, vì là nơi có nắng, có gió, tối kỵ đặt bếp gần không gian này, vì bếp cần phải "tàng phong" thì mới "tụ khí" được.
Khi giếng trời bên cạnh phòng ăn (thuộc Mộc), có thể dùng cây cảnh, suối nước để có Mộc và Thủy tương sinh. Nếu mở giếng trời thông thoáng cho phần bếp thì nên bố trí theo dạng ống hút thẳng đứng (Mộc sinh Hỏa), nhưng trên đỉnh phải có mái che tránh mưa tạt.
Có thể dùng mái bằng kính lấy sáng hoặc mái dốc nghiêng (Hỏa) để tạo hiệu ứng ống khói hút nhiệt lên cao, không lan tỏa khói, mùi sang các phòng khác.
Khi giếng trời kế bên cạnh phòng ngủ, cách bài trí lại thiên về tính Thủy và Mộc, bằng cách tạo trang trí nhẹ nhàng, màu tươi sáng. Những giếng trời để trơ trọi hoặc bọc khung sắt quá dày luôn không tốt bằng những giếng trời để thoáng có vật liệu gần gũi với thiên nhiên (Thổ, Mộc hoặc Thủy), và khung hoa sắt bảo vệ vừa đủ, có đường nét tạo hình sinh động.
Việc mở giếng trời không chỉ thu vào nhiều ánh sáng hay thoát gió ra tốt, mà bản chất là làm cho cân bằng Âm - Dương. Mở giếng trời ở khoảng giữa chính là kích hoạt luồng khí, tăng tính hoạt động của Trung Cung Dương Cơ.
Tuy nhiên, nếu nhà không quá dài, diện tích nhỏ, không bị tối, không có những phòng ở giữa phải đi xuyên qua thì không nhất thiết phải mở giếng trời ở giữa mà chỉ cần tạo thông gió nóc buồng thang và thông thiên ở phía sau (kết hợp với sàn nước, sân phơi) là đủ.
Mở nhiều giếng trời thậm chí còn gây ra Dương thịnh Âm suy, lúc nào trong nhà cũng thấy chói chang (nhất là những hướng có ánh sáng mặt trời gay gắt như hướng tây).
Vùng trung cung, vùng thái cực là nơi có các bộ sao vượng hướng, chiếu theo vận 8 này là các hướng tinh 8, 9, 1. Nếu khu vực này không có các sát khí của địa khí như Tam sát Thiên Hình, Độc Hỏa, Đại Sát và Thiên khí thì nên mở giếng trời tại đây là đắc cách nhất.
Giếng trời không có hướng, nên không cần xét đến hướng của nó, tuy nhiên không nên đặt giếng trời mở tại phía bắc của ngôi nhà thuộc cung vị Khảm, vì đó là phương thường có thực khí không tốt cho sức khỏe con người.
Giếng trời không nên quá nhỏ hẹp, vì không đạt được mục đích hấp thụ được nguyên khí của trời đất, ngược lại còn tạo hiệu ứng ngược lại hình thành những luồng sát khí Thiên trảm sát. Giếng trời lưu chuyển giao khí với nhiều không gian sống tuyệt đối không nên đi ngang qua cửa nhà vệ sinh, sẽ kéo theo uế khí đến mọi không gian sống khác.
Hình thế của giếng trời nên tạo ra sao cho phù hợp với hình thể kiến trúc ngôi nhà tức là tương sinh với ngũ hành của hình thể kiến trúc ngôi nhà. Nhà hình mộc, giếng trời cũng nên là hình mộc dài, hoặc hình thủy uốn mềm lượn sóng. Nhà hình thổ thì giếng trời nên là hình thổ vuông vắn, hình kim như hình tròn, hình elip.
Khi mở giếng trời cần xem xét thực tế nhà nằm về phương hướng, nắng gió thế nào để bố trí mái che giếng trời là loại cố định hay mái kéo nhằm chủ động hơn trong việc điều tiết ánh sáng, chống mưa tạt nắng gắt vào trong nhà.
Theo Chuyên gia phong thủy Song Hà